凈化廠設計的本質是在美觀和清潔的基礎上防止產品污染和質量變化。因此，GMP凈化車間與一般的凈化車間在潔凈門窗、墻面、天花板、地板等方面有很大的不同。

建筑布局上，GMP蕪湖凈化車間一般在車間外設置環形密封走廊，使潔凈區與外部有緩沖隔離區，可防止外部污染，節約能源。外窗的層數和結構形式應充分考慮空氣和水的密封。內門窗與內墻平齊，無窗臺。為防止室內外溫差引起的結露，對不同室內潔凈度等級的房間進行門窗縫隙封閉。門窗材料自然變形小，制造誤差小，氣密性好，簡單易清洗。地板應平整無縫，耐磨耐腐蝕，不易產生靜電。　

目前，大多數環氧自流地板都采用環氧樹脂。當厚度大于1mm時，一般使用壽命為6年以上。墻面應光滑、無灰塵。墻與地面交叉處應作半徑為50 mm的弧線，以減少積灰，便于清掃。在交通走廊墻壁等易發生碰撞的地方，應設置防撞護欄，防止裝飾材料振動和灰塵脫落。為了保證GMP凈化車間的室內清潔，所有的風道和燈具必須在夾層內。天花板通常用彩鋼夾芯板密封。彩鋼夾芯板具有重量輕、綜合強度大、隔熱、隔熱、防塵等特點。還要考慮防火性能。GMP凈化車間對電氣接線有嚴格要求。在可能的情況下，應使用鋼管，以確保電線不會成為傳播火災的手段。